Głównym celem Podlaskiej Federacji Organizacji Pozarządowych jest między innymi działanie na rzecz rozwoju społeczeństwa obywatelskiego i wzmacnianie aktywnego obywatelstwa na poziomie wojewódzkim, krajowym i europejskim, rozwijanie współpracy i standardów działania oraz umacnianie poczucia tożsamości środowiska organizacji pozarządowych.